Van Zwartkruis is bekend dat hij tegen de paus zelf heeft gezegd, dat als Maria een boodschap voor Zijne Heiligheid zou hebben, ze toch gewoon op het dak van de Sint Pieterskerk voor hem kon verschijnen, inplaats van aan ongeschoolde Portugese herdertjes.
De grap viel goed bij Paulus VI. Die schijnt zoiets geantwoord te hebben in de trant van: "Zou het, mede in verband met de enorme kosten van al die verschijningsonderzoeken, de Allerheiligste Maagd te vragen of ze in het vervolg tijdens de vergaderingen van de Congregatie voor de Geloofsleer zou willen verschijnen."

Duidelijk dat beide weinig ophadden met dit buitenaards fenomeen. Anders werd dat toen Mgr. Zwartkruis onder paus Johannes Paulus II kwam te staan. Nu was het de Haarlemse bisschop die de wind van voren kreeg.

Vooral nadat Johannes Paulus II duidelijk maakte dat hij inzake de Amsterdamse Mariaverschijningen een deugdelijk rapport wenste "inplaats van onderzoeken van ongelovigen die er op uit zijn om aan te tonen dat wonderen niet bestaan!"

Aan de Boodschappen van Maria had Zwartkruis een broertje dood. Als Maria zonodig wat te vertellen heeft, waarom zou Zij dat dan doen via de vriendin van Trude Brenninkmeijer van C&A.

"Zoiets kun je toch niet serieus onderzoeken?"

Beleefd weigerde Zwartkruis omdat "zoiets toch niet meer van deze tijd is".

De Grote Paus wist hem te doen stond.

Geheel tegen wat tot dan altijd gebruikelijk was geweest, benoemde hij zonder enig overleg met Zwartkruis twee hulpbisschoppen.

Zwartkruis moest in de krant lezen dat Henny Bomers en Jos Lescrauwaet aan zijn bisdom waren toegevoegd.

De bedoeling was duidelijk. Er moest een einde komen aan het ronduit onkatholiek gedrag inzake belangrijke buitenaardse manifestaties.

Theodorus Zwartkruis, de zoon van een gemeenteambtenaar die het tot bisschop schopte, overleed op de avond dat deze benoeming bekend werd gemaakt.